آیت‌الله العظمی مکارم‌شیرازی در پیامی ضمن محکومیت حادثه ترویستی مسجد شیعیان در قندوز افغانستان، از حاکمیت این کشور خواست گروه‌های تکفیری و مسلح لجام‌گسیخته را مهار کرده و در راه امنیت شهروندان بی پناه آن سرزمین تلاش کند. در پیام این مرجع تقلید تأکید شده است: امروز ابتدایی‌ترین حق مردم افغانستان به آسانی پایمال می‌شود که قویاً سؤال برانگیز است!!! حاکمیت موجود باید توجه کند برای حیثیت و اعتبار خود هم که شده، گروه‌های تکفیری و مسلح لجام گسیخته را مهار کند و در راه امنیت شهروندان بی پناه آن سرزمین مظلوم بکوشد. در این پیام همچنین آمده است: امیدوارم با توافقی ملی و تشکیل حاکمیت فراگیر در افغانستان دست فتنه‌جویان قطع گردیده و پایانی برای این مصیبت‌های جانکاه رقم بخورد؛ به یقین جنایتکاران این حادثه پاسخ کار خود را خواهند دید.